Útok byl očekáván ze severu a z jihu.

První dva dny po vyhlášení mobilizace vládla poměrně spokojenost, ale postupně se začaly projevovat organizační problémy,jejichž příčinou byl hlavně nedostatek nákladních automobilů. Velké množství vozů, které armáda měla k dispozici, bylo ve špatném technickém stavu.

Vázlo vyrovnávání počtu vojáků, takže některé útvary měly velké přebytky, jiné naopak zase ani s dodatečně povolanými záložníky nemohly dosáhnout předepsaných počtů. Problémy s nedostatkem motorových vozidel se velitelé pokusili řešit mobilizací selských koní a povozů. Přes všechny potíže, které jsou při takové rozsáhlé akci pochopitelné, podařilo se plánované stavy u všech svazků naplnit.

Pro boj proti německé armádě bylo postaveno 61 procent sil, proti Maďarsku 17 procent a proti Polsku 2 procenta. Zbytek měl zůstat v záloze.

Souběžně s mobilizací armády probíhala evakuace zbrojního průmyslu z Čech na Slovensko (například plzeňská Škodovka byla přestěhována do Dubnice nad Váhom). Ještě před mobilizací byl v naprosté tajnosti do Žiliny přestěhován státní zlatý poklad a korunovační klenoty. Na moravsko-slovenské pomezí byli evakováni rodinní příslušníci nejvyšších československých velitelů.

Odhadovalo se, že německé velení v této době již upustilo od původních plánů na obsazení pouze Sudet nebo na vstřícný postup svých vojsk z Dolního Rakouska a Horního Slezska a zaměřilo se spíše na úder směrem do Čech. Vzhledem k tomu došlo k přijetí upravené varianty XIII nástupového plánu VII, spočívající v posílení uskupení čs. vojsk v severních a jižních Čechách a rovněž tak na jihozápadní Moravě, na úkor svazků původně předurčených pro obranu severní a zejména jihovýchodní Moravy, za současného využití záloh Hlavního velitelství.

Na základě rozboru 2. (zpravodajského) oddělení štábu Hlavního velitelství ze dne 25. září mělo ze strany Německa dojít k útoků ze severu (Liberecko) a z jihu (Kaplicko, Třeboňsko). Německé armády se od jižní hranice měly dostat do prostoru Jihlavska, odříznout jádro I. čs. armády a postupovat na Pardubice.

Obranu větší části Čech zajišťovala I. armáda (11 divizí a 1 brigáda) s velitelstvím v Kutné Hoře, v čele s armádním generálem Sergejem Vojcechovským , který předpokládal vést pružné obranné boje, vycházeje přitom ze základní myšlenky ústupového manévru ve směru západ - východ, při současném zabezpečení celistvosti severního a jižního křídla armády.

Pro tento účel byly kromě hlavního obranného postavení v pohraničí obsazena i některá předem připravená záchytná postavení ve vnitrozemí. Šlo především o tzv. první ústupovou příčku probíhající přibližně po čáře Liberec - Mělník, pokračující obloukem na západ od Prahy a dále vedoucí po řece Vltavě na jih až k Týnu nad Vltavou.